1957年東京生まれ。慶應義塾大学工学部卒業後、米カーネギーメロン大学(CMU)に留学し、コンピュータ科学部で博士課程(1985)修了。その後、同大学助手、助教授、准教授、CMU自動翻訳研究所副所長を歴任。
1990年より慶應義塾大学環境情報学部助教授、教授、学部長を歴任。2001年より慶應義塾大学先端生命科学研究所所長。
米国National Science Foundation大統領奨励賞(1988)、日本IBM科学賞(2002)、文部科学大臣表彰科学技術賞(2007)、大学発ベンチャー表彰特別賞(2014)、山形県特別功労賞(2017)、第68回河北文化賞(2019)、第5回バイオインダストリー大賞(2021)などを受賞。
